Maulana Muzaffar Hussain ialah anak saudara Mufti Ilahi Baksh Kandhalwi. Beliau murid kesayangan Shah Muhamad Ishaq Dehlavi dan khalifah Shah Mohammad Yaqub, serta berpeluang bersahabat dengan Syed Ahmad Syahid, seorang yang sangat salih.

Beliau tidak pernah menyentuh apa-apa yang meragukan menurut syariah. Kisah tawaduk dan ibadahnya masih segar dalam ingatan penduduk Kandhla, dan mengingatkan mereka kepada zaman gemilang Islam awal.

Salah seorang puterinya, Amtus Salam, ialah nenek Maulana Ilyas. Cucu perempuan beliau daripada seorang puterinya pula berkahwin dengan Maulana Mohammad Ismail, bapa Maulana Ilyas. Itulah perkahwinan kedua Maulana Mohammad Ismail, pada 30 Oktober 1868.