Maulana Muzaffar Hussain adalah anak saudara kepada Mufti Ilahi Baksh Kandhalwi. Beliau adalah murid kesayangan Shah Muhamad Ishaq Dehlavi. Beliau juga merupakan timbalan Shah Mohammad Yaqub. Beliau juga telah diberi keistimewaan untuk bersama dengan Syed Ahmad Shaheed yang merupakan seorang yang sangat mulia dan bertakwa. Beliau tidak pernah menyentuh apa-apa yang diragui kesuciannya di mata Sharia. Peristiwa tentang kerendahan hati dan doa-doanya masih segar dalam ingatan masyarakat di kawasan Kandhla dan menjadi pengingat akan hari-hari gemilang pada dekad awal Islam.
Salah seorang anak perempuannya adalah Amtus Salam, yang merupakan nenek kepada Maulana Ilyas.
Cucu perempuan sebelah ibunya telah berkahwin dengan Maulana Mohammad Ismail (Bapa Maulana Ilyas). Ini adalah perkahwinan kedua Maulana Mohammad Ismail yang telah disempurnakan pada 30 Oktober 1868.
